Отличительной чертой многих зоонозов является существование в природе резервуара возбудителя инфекции. Патогенный возбудитель живет внутри населенныхопределенными видами растений и животных биоценоза или экосистемы, в пределах которых между возбудителями и хозяевами устанавливаются особые экологические отношения, обеспечивающие постоянную циркуляцию возбудителя в природе, образуя так называемый природный очаг.
Эпизоотический процесс, протекающий на территории природного ареала животных различных видов при сохранении эпидемиологического потенциала, составляет, по Е. Н. Павловскому, разработавшему эту теорию, природную очаговость. Согласно теории Е. Н. Павловского, возбудитель какой-либо потенциально опасной для человека болезни может существовать в природе без всякой связи с человеком. Он присутствует в различных биоценозах и попадает через организм кровососущих эктопаразитов в организм животных, и наоборот.
В природных очагах возбудитель существует постоянно. Проникновение человека и домашних животных в такие зоны для строительства оросительных сетей, плотин, каналов, прудов и искусственных водоемов или исследования новых районов приводят к тому, что человек и животные включаются в пути циркуляции паразитов животных и человека.
Передача возбудителя от диких животных к домашним происходит, как правило, через посредство членистоногих (клещей от собак и кошек, комаров и т. п.). Этим же путем домашние животные могут заражаться друг от друга. Паразитные болезни, передающиеся членистоногими, встречаются очень часто в странах Африки и Азии и называются арбовирозами. Исследованиями установлено, что вирусные энцефалиты, чаще всего регистриуют в европейских странах. Суть зоонозов с природной очагостью, характеризуется сезонностью, обусловленной циклом развития переносчика (клещей).
Эти болезни встречаются на определенной территории сельской местности в зоне смешанных лесов (из лиственных пород — липа, клен, ясень), где отмечаются умеренная температура и относительно высокая влажность, благоприятствующие развитию переносчиков и хозяев. Взрослые клещи паразитируют на теле крупного рогатого скота, овец, коз, лошадей, диких хищников, а личинки и нимфы — на лесных и полевых грызунах. Перелетные птицы также могут быть переносчиками зараженных клещей. Болезнь приобретает профессиональный характер, так как чаще всего заболевают лесозаготовители, лесники, биологи, охотники и т. п.
Вирус двухволнового менингоэнцефалита может передаваться как при укусе клеща, так и при потреблении некипяченого молока главным образом коз, овец и коров в стадии виремии (вирус размножается в молочной железе и выделяется с молоком). Молочные продукты, приготовленные из некипяченого молока, также представляют опасность. Заражение вирусом через дыхательные пути возможно при вдыхании пыли, содержащей выделения клещей, или при обработке патологического материала в лаборатории.