Афты ящура локализуются на ладонях, подошве ног и кончиках пальцев, ногти могут слезть. На тыльной стороне ладони афты возникают реже. По очертанию афты округлые или эллиптические, часто сливающиеся, по размеру варьируют от булавочной головки до величины монеты, выступая над слизистой оболочкой больше, чем над кожей. Содержащаяся в них жидкость прозрачная, слегка желтоватая или серо-рыжеватого цвета. Изменение первоначальной прозрачности происходит в результате притока лейкоцитов, инфицирования ящура или кровоизлияния при травмировании.
В местах с нежной кожей и на слизистых оболочках афты развиваются быстрее, затем высыхают и отпадают, оставляя ранки, которые заживают в течение 5—10 дней. Общее состояние больного угнетенное, особенно когда поражена слизистая оболочка ротовой полости, жевание и глотание вследствие этого вызывают болезненные, а слюноотделение — неприятные ощущения. Взрослые переносят болезнь легче, чем дети, но жалуются на сильную вялость, головную боль и плохое общее состояние.
Афты, локализованные на конечностях, хотя и болезненны, но на общее состояние влияют меньше, чем те, что расположены во рту. Герлахом описан случай поражения кишечника (понос у ребенка), которое отмечено также и Магнуссоном. Некоторые авторы подчеркивают, что у детей болезнь всегда сопровождается стоматитом в отличие от взрослых, у которых поражаются преимущественно ладони и кожа между пальцами ног. Заболевание протекает быстро, даже в тяжелых случаях продолжительность ящура не превышает 6 — 10 дней. Постановка диагноза представляет известные трудности из-за сходства по клиническим проявлениям с везикулярным стоматитом, герпесом, пемфигусом, а также с аллергическим дерматитом — симптомом, который проявляется при многих вирусных инфекциях у человека.